Na obnovení diplomatických vzťahov sa USA a Venezuela dohodli začiatkom marca.
Maduro a Floresová sa na pojednávaní na newyorskom Manhattane objavili vo väzenskom odeve.
Pred budovou súdu sa zhromaždili davy ľudí, rozdelené na priaznivcov a kritikov Madura.
Opozičná líderka sa aktuálne nachádza v Spojených štátoch.
Trump vyjadril podporu dočasnej prezidentke Delcy Rodriguezovej po tom, čo USA zadržali Madura v rámci americkej vojenskej operácie.
Venezuela patrí dlhodobo medzi krajiny s vysokou mierou násilnej kriminality.
Mesačná minimálna mzda vo Venezuele sa podľa AFP v súčasnosti rovná približne 28 americkým centom, zatiaľ čo ročný nárast cien presahuje 600 percent.
Rodríguezová prevzala kontrolu nad Venezuelou pod tlakom USA.
Nové odporúčanie už nevaruje pred možným nezákonným zadržaním alebo nepokojmi vo Venezuele.
Zdroje agentúry Reuters uviedli, že Padrina Lópeza mali pôvodne odvolať už skôr, avšak po zadržaní Madura ho ponechali vo funkcii.